1) В ультраосновных породах и наритах вместе с пирротином и, следовательно, в ассоциации с никелем, кобальтом, частично с палладием. Обычно халькопирит является последним сульфидом в этом ряду кристаллизации и следовательно приурочен преимущественно или к эндоконтактовым или даже к экзаконтактовым зонам.

В гидротермах Cu мигрирует в форме различных комплексов Cuя5+ я0и  Cuя52+ и концентрируется на геохимических барьерах в виде халькопирита и других сульфидов (меднопорфировые,медноколчеданные и др. месторождения). В поверхностных  водах  обычно содержится n*10я5-6 я0г/л Cu,  что соответствует коэффиценту водной миграции 0,n. Большая часть Cu мигрирует с  глинистыми  частицами,  которые энергично ее адсорбируют. Наиболее энергично мигрирует в сернокислых водах зоны окисления сульфидных руд, где  образуется  легко растворимый CuSOя44я0. Содержание Cu в таких водах достигает n г/л,  на участках месторождений возникают купоросные ручьи и озера.